Program Magister (S.2) Prodi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (FITK) UIN Sumatera Utara Medan berdiri sejak tahun 2016 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia Nomor: 4506 Tahun 2015.
Mengingat tuntutan dan kebutuhan yang tinggi terhadap Magister Manajemen Pendidikan Islam (MPI) dari stakeholders maka pada tanggal 1 Oktober 2015 dilakukanlah workshop Pembukaan Program Studi Strata 2 Program Studi Pendidikan Agama Islam dan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam. Pada saat itu hadir Kasubdit Pengembangan Akademik Pada Dirjen Dikti Kemenag RI bapak Dr. Muhammad Zein,M.A dan Prof.Dr.Djafar Siddik, M.A guru besar FITK UIN Sumatera Utara Medan. Juga dihadiri oleh stakeholder guru, kepala madrasah, pengawas, alumni, Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sumatera Utara, dan dosen dari dua program studi. Penerimaan mahasiswa awal dilakukan dua gelombang sejak bulan april tahun 2016 dan juli 2016. Pada tahun pertama mahasiswa sebanyak 104 mahasiswa dari dua program studi aktif mengikuti perkuliahan